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TCGA/GEO数据挖掘分析班


TCGA&GEO生信高通量数据挖掘分析学习班

(上海·浦东 2019.3.9-10)

培训简介:

癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向(含30000个样本)的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加!

因此,需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力以及逻辑性的生信分析思路,从海量信息中获得自己想要的关键基因!

 

培训预期:

1. 通过两天培训,掌握TCGA,GEO数据库的使用、下载及分析思路和实用操作知识点。

2. 可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。

3. 课后赠送1小时全场串联视频,用于学员复习。

4. 赠送一份最近5年的高价值国自然标书(医药加高价值标书库里面选择)

5. 讲师团队赠送TCGA数据库甲基化基因表达谱整合分析报告疾病mRNA+lncRNA分析报告

 

讲师简介:宋伟博士

成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。


培训经历:在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向:《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等

 

主办方:医药加平台

承办方:上海遐锦生物科技有限公司

培训时间2019年3月9-10日,8日可报到(下午3点-晚上9点)

上课时间:上午9:00-12:00,下午1:30-6:00

培训地点中兴和泰酒店  上海市浦东新区科苑路866号

推荐住宿中兴和泰酒店,普通标间400元/间,豪华大床房/豪华标间500元/间,住宿自理

收费标准:会务费:2800元每位(会务费包含电子版教材、午餐,住宿费自理。)

优惠政策:

1.提前确认报名及转账的,可以提前拿到学习材料

2.三人组团报名,每人优惠100元

3.四人组团报名,每人优惠200元,

4.五人组团报名缴费,额外带一人免费注册! 

可以开正规会务发票,纸质邀请函(盖红章)。 

参加过医药加高通量数据挖掘分析班的学员,可享受半价(1400元)优惠

注意事项:必须携带win7以上系统的电脑,现场不得录音录像。提前安装好cytoscape软件和Heml软件(可提前向主办方索要安装包)

交费方式:

1. 支付宝付款

账户:yonghong1028@126.com   账户信息:医药加-上海遐永医药

实名:金永红(大金额转账时可能需要您补全全名)

2. 转账

账户名称:上海遐锦生物科技有限公司    账户号:31050179400000001610

行:中国建设银行上海马陆支行

3. 现场刷卡

 

报名方式:

王炳和 13818765978(微信同号)

邮箱:13818765978@163.com

发回报名邮件后若24h内未收到回复,请及时电话联系确认

 

 

 

 

 

 

详细课程安排见课表


TCGA&GEO高通量数据挖掘分析班课表

日期

时间

课程安排

内容介绍

周六上午

9:00-10:00

生信简介

生物信息介绍

高通量:测序及芯片介绍——不同组学:转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等

经典生信SCI文章的解读,了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路

10:00-10:15

茶歇

10:15-12:00

TCGA数据库

NCBI GEO数据库

TCGA数据库:最全的癌症高通量数据公共库(简介)

TCGA数据库的产生过程

TCGA数据库的介绍和使用(包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据)

GEO数据库介绍:数据量******的高通量公共数据库。

GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。

 

12:00-13:30

午餐及午休

周六下午

13:30-15:00

TCGA相关下载工具

TCGA数据库癌症数据下载:RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载
TCGA数据书库癌症数据的处理,获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。

15:00-15:20

茶歇

15:20-17:00

TCGA相关分析工具

TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。
获得生存曲线图(KM曲线,分为临床因素和基因表达两种KM曲线)
miRNA靶基因结合位点。

 

周日上午

8:30-10:30

TCGA数据后续高级分析工具实战

功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

通路map图构建

聚类热图制作

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

TCGA数据后续高级分析工具实战

蛋白互作分析(PPI)及网络图构建

网络分析及hub蛋白/基因获得。

 

12:00-13:30

午餐及午休

周日下午

13:30-15:00

TCGA数据库与GEO数据库挖掘

基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练

基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练

基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路演练

基于GEO数据库多套数据整合(meta)分析思路演练

15:00-15:20

 

 

15:20-16:30

整体演练

在电脑上快速完成从头到尾的一套数据实战,及答疑

注意事项:学员需自己带电脑,要求为windows系统,现场不得录音录像,上课所用软件为cytoscape和Heml

 

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