测序与芯片的高通量数据挖掘与分析学习班（理论+实践课）

(北京·东城区 2019.3.23-24)

生物信息学（bioinformatics）定义：是在大分子方面的概念型的生物学，并且使用了信息学的技术，这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法，并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。

培训目的：

很多老师都做过测序或者芯片实验，虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析，比如过滤、质控、比对、定量和差异等，但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析，并不能完整的讲一个故事！因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力，从海量信息中获得自己想要的关键基因！

培训预期：通过2天的培训，使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点（具体见最后），可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。

生物信息学魅力：

帮助预测疾病相关的潜在基因，以及该基因潜在的作用靶点、上游调控转录因子等，从而指导实验方向、缩小试验范围、简化试验流程。

为基金申请提供支持，通过强大的信息数据的收集整理，减少投入增强研究目的性；且通过整合技术优势，指导提高临床诊断水平。

丰富的免费的数据资源和生物软件工具： 数据库：NCBI, EBI, DDBJ, PDB, SWISS-PROT等；软件工具：Cytoscape，BLAST,  R语言，String,  David等

 我们可以看到该文献主要的分析步骤有：差异表达分析、聚类热图构建、GO和KEGG 通路分析、蛋白互作网络分析、生存曲线分析等。我们的主题基本上按照类似的文献思路进行讲解，和大家一起分享一下一篇SCI文章的生信分析步骤。

通过2~3天的学习，我们可以掌握一篇生信SCI文献的所有分析模块，并可以独立的结合自己的研究方向进行生信分析和数据挖掘，获得一套属于自己的分析结果。

 

讲师简介：宋博士

成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。

培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等

培训时间：2019年3月23-24日，22日可报到（下午3点-晚上8点）

培训地点：金泰绿洲酒店  北京市东城区永外彭庄甲58号

推荐住宿金泰绿洲酒店，普通房358/间，商务房458/间，大床与标间价格一致

学习班承办方：上海遐永医药科技有限公司

收费标准：2800元每位（注册费包含电子版教材、午餐，住宿费自理。）

优惠政策：

1. 提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习材料

2. 三人组团报名，每人优惠100元

3. 四人组团报名，每人优惠200元，

4. 五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！ 

可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。 

参加过医药加TCGA/GEO学习班的学员，可享受半价优惠

注意事项：讲师演示电脑为windows系统，故需携带windows系统的电脑，苹果电脑请务必提前做好双系统。

交费方式：

1. 支付宝付款

账户：yonghong1028@126.com   账户信息：医药加-上海遐永医药

实名：金永红（大金额转账时可能需要您补全全名）

2. 转账

账户名称：上海遐永医药科技有限公司    账户号：31050161413600000900

开 户 行：中国建设银行上海川沙支行 

3. 现场刷卡

 

测序与芯片的高通量数据挖掘与分析课程大纲
日期	时间	题目	课程内容
周六上午	9:00-10:45	基因数据库使用介绍	测序标准报告的解读 NCBI Gene：最权威的基因综合数据库之一。 NCBI GEO： 数据量******的高通量公共数据库。
	10:30-10:45	茶歇
	10:45-12:00	基因数据库使用介绍	GEO2R工具：在线做差异分析的R工具 bioDBnet：在线基因ID转换工具。 Uniprot： 最权威的蛋白综合数据库之一。
	12:00-13:30	午餐及午休
周六下午	13:30-14:00	DAVID工具—功能富集分析	功能富集的原理和意义 基因ID转换
	14:00-15:30		基因功能注释（GO ，KEGG pathway）
			基因功能富集（GO ，KEGG pathway）
			基因功能聚类（GO ，KEGG pathway）
	15:30-15:45	茶歇
	15:45-18:00	聚类热图及pathway map图	KEGG 数据库：最权威的通路数据库（pathway map 分析）
			HEMI软件：构建聚类热图的本地软件
周日上午	9:00-10:45	STRING工具——基因/蛋白相互作用分析（PPI）	蛋白互作分析的原理和意义
			单个蛋白的蛋白互作分析
			多个蛋白的蛋白互作分析
			STRING工具的使用步骤：输入、参数设置、输出等
	10:30-10:45	茶歇
	10:45-12:00	cytoscape网络做图软件（上）	网络图构建
			逐个修改节点的属性和修改边的属性
			网络展示方式layout更美观
			网络统计分析
	12:00-13:30	午餐及午休
周日下午	13:30-15:30	cytoscape网络做图软件（下）	批量修改节点的属性和修改边的属性
			Cytoscape的常用插件：ClusterONE
			Cytoscape的常用插件：BinGO
	15:30-15:45	茶歇
	15:45-16:30	课程总结	课程总结
备注：携带windows系统电脑，方便跟随老师进行操作

 

 

 

通过该主题的学习，可以学会：

1. 高通量公共数据的详细信息查找/下载；

2. 在线做差异表达分析

3. 在线blast分析

4. 基因ID转换

5. 通路map图制作

6. 功能富集分析

7. 蛋白互作分析

8. 网络图的构建和美化。