第一天上午

表观遗传学研究内容及思路，DNA甲基化原理、应用及研究

1. 表观遗传学研究内容及调控机制。

2. 通过近期Cell文章掌握表观多组学研究思路。

3. 高通量测序技术概述。

4. 表观遗传学各组学测序技术及分析内容。

5. DNA甲基化理论：作用机制及研究应用。

理论

第一天下午

Linux及R语言实操，DNA甲基化数据分析

1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。

2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。

3. R语言语法介绍及常用命令。

4. DNA甲基化测序数据分析（bismark，methylKit等软件）。

5. DNA甲基化芯片数据分析（IMA等软件）。

实操

第二天上午

组蛋白修饰及ATAC测序技术、分析思路及流程

1. 组蛋白修饰的研究方法及技术发展。

2. 组蛋白修饰的研究内容及科研思路。

3. 组蛋白修饰数据的分析流程及绘图。

4. 组蛋白和多组学数据的整合分析。

理论

第二天下午

组蛋白修饰及ATAC数据分析

1. 利用fastqc、cutadapt及Trimmomatic对原始数据进行质控。

2. 通过bowtie2、bwa等软件进行基因组mapping。

3. 通过MACS2软件进行peak calling。

4. 利用HOMER软件进行peak注释及motif分析。

5. 调用R语言包Diffbind进行差异peaks分析。

实操

第三天上午

非编码RNA、表观转录组研究内容及思路

1. 转录组数据分析内容及思路介绍。

2. 长非编码RNA、microRNA及circRNA的研究方法及思路。

3. 转录组多组学整合分析思路和案例介绍。

4. 表观转录组学研究内容及多组学整合思路。

5. 组学分析常用数据库介绍及使用。

理论

第三天下午

mRNA及非编码转录组分析：定量、差异、功能富集及网络

1. 通过tophat2、hisat2软件进行转录组数据mapping。

2. 通过HTSeq及featureCounts进行基因表达定量。

3. 通过Deseq2，edgeR等R语言包进行差异表达分析。

4. 应用DAVID及metascape网站进行通路富集分析。

5. 箱型图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。

实操