（12月11日  上午）

微生物基因组

微生物基因组和转录组学研究

1.1、微生物基因组研究的意义

1.2、微生物基因组研究概况

1.3、微生物基因组的特点

1.4、微生物转录组学研究

 

（12月11日 下午）

 R语言绘图

1.1  R语言基本介绍

1.2  R语言基本运算、向量函数

1.3 R语言数据读入以及导出

ggplot2基本绘图 （条形图、散点图、折线图等）

 

（12月12日 上午）

 宏基因组学 

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微生物实验设计

1.2. 测序量及采样建议

针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程图

数据收集、数据预处理、数据分析

1.4. 结果解析

1.4.1 OTU聚类

1.4.2 物种注释

1.4.3 物种分布情况

1.4.4 样品复杂度分析：α多样性

Coverage   Chao指数   ACE指数

Shannon曲线

Richness rarefaction曲线

1.4.5 多样品比较分析：β多样性

样品间物种丰度热图

排序分析：

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

样品聚类分析

2. DSS （direct shotgun sequencing）法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注释分析

2.3. 代谢途径解析

 

（12月12日  下午）

 微生物基因组及宏转录组常用软件介绍

2.1 微生物基因组在线圈图分析

2.2 代谢通路分析（KEGG & KAAS）

2.3 病原菌耐药基因鉴定（CARD & Resfinder）

2.4 细菌基因组岛鉴定 （Islandviewer）

2.5 CAZy 碳水化合物活性酶注释（宏转录组）

2.6 基因差异表达分析（宏转录组）

2.7 基因聚类分析（宏转录组）

 

（12月13日  上午）

 宏转录组学

 1 宏转录组学介绍

2 宏转录组学定义

3 宏转录组研究方法

4 宏转录组研究内容

5 宏基因组与宏转录组的差别

 

（12月13日  下午）

 16S测序数据分析及宏基因组学软件介绍

 1. 笔记本电脑配置要求建议笔记本内存4G以上，64位操作系统

2. 针对16S rDNA amplicon sequencing分析

2.1. 虚拟机安装：Virtual Box

2.2. 16S分析运行环境搭建：QIIME Virtual Machine

 

2.3. 实例演示及结果展示

数据预处理

OTU 聚类

物种注释

OTU table生成

α多样性分析

序列比对

构建进化树

β多样性分析

 

3. 针对shotgun sequencing分析（只做流程演示讲解）

3.1. 序列质量控制：fastqc

3.2. 序列拼接

3.3. 基因预测及丰度分析

3.4. 物种注释

3.4. 功能注释

3.5. MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等软件介绍

 

（*实际授课还会增加一些学员报名时反馈的感兴趣内容，希望参会人员可以把自己想了解的内容，报名时一起填写在回执表上。大家在上课期间有什么问题，都可以随时提出，如果有针对性问题可在 课间、课下和老师进行交流；）